In una piccola casa ad Ellicot, NY, Gary Sacks assiste suo padre malato Arlen. Gary va in cucina, ed Arlen viene colto dal panico quando vede qualcosa sul soffitto. Gary sente il suono del monitor cardiaco che segnala il cessato battito nell'altra stanza e vede che suo padre è scomparso dalla sedia a rotelle. Gary lo cerca e sente un suono sibilante. Improvvisamente, una enorme faccia di rettile si lancia verso di lui, e viene spruzzato con del veleno.

All'FBI, Scully libera la sua scrivania preparandosi ad entrare in maternità. Trova degli oggetti che le ricordano i casi passati, e dà a Doggett il medaglione commemorativo dell'Apollo 11 che le era stato regalato da Mulder (nell'episodio #4X17 Tempus Fugit - Tempus Fugit (1/2)). Il medaglione simboleggia il lavoro di squadra e l'affiatamento, e ringrazia Doggett per il suo aiuto nell'anno passato. Esce dall'ufficio. Poco dopo, entra l'agente Leyla Harrison, è stata assegnata come partner di Doggett agli X-Files durante la maternità di Scully. La Harrison, una grande sostenitrice del lavoro di Mulder e Scully, è eccitata all'idea di lavorare su un X-File ed accompagna Doggett ad esaminare la scena del crimine presso la casa dei Sacks. Ci sono alcuni resti di una sostanza bavosa nella casa e nelle vicinanze del luogo dove è stato ritrovato il corpo di Arlen. Basandosi sullo studio dei passati casi di Mulder e Scully, la Harrison salta immediatamente a strampalate conclusioni sulla natura della sostanza. Doggett demolisce le sue teorie. 

Doggett vaga da solo verso una villa deserta, vicina alla scena del crimine e, dopo essere entrato, su una scrivania trova un libro sulla Sesta Estinzione. Sente un rumore ed estrae la propria arma, ma trova solo l'agente Harrison. Le dice che "l'essere" è qui e le ordina di aspettare fuori. Un colpo d'arma da fuoco viene esploso all'esterno, e Doggett cerca l'agente Harrison, ma è scomparsa. Va nei boschi vicini e cade accidentalmente in una botola sul terreno. Si ritrova in una sorta di cantina di vini sotterranea. 

Mulder assiste Scully mentre va al corso prenatale. Lei ammette di sentirsi come se avesse abbandonato il suo lavoro. Mulder la assicura che Doggett può cavarsela anche da solo. Skinner, nel frattempo, guida un gruppo di agenti alla ricerca di Doggett. Scully è preoccupata, ed esprime il desiderio di ritornare al lavoro per aiutare nelle ricerche. Compie un'autopsia sul corpo di Arlen Sacks e scopre che la sostanza sul suo corpo è in realtà del veleno che è stato spruzzato da un rettile. Mulder cerca di convincerla a smettere di lavorare mentre lui decide di iniziare la propria indagine. 

Nel covo sotterraneo, Doggett si chiede cosa abbia prodotto un guscio vuoto con la forma di una testa di un cane, quando vede qualcosa oltrepassarlo muovendosi rapidamente. Una creatura simile ad un serpente gigante, lo attacca e gli spruzza del veleno negli occhi. Con la vista danneggiata, Doggett spara alla cieca verso la creatura, che cerca di fuggire. La Harrison sente i suoi colpi di pistola e trova Doggett. Anche i suoi occhi sono malconci, ma lo porta dal malandato corpo di Gary Sacks. Mulder arriva sulla scena del crimine mentre Skinner sta spostando la ricerca da un'altra parte. Mulder, non più agente dell'FBI, si dirige all'interno del bosco per proprio conto e trova per caso la villa. Vede qualcosa nel giardino e lo raccoglie, ma viene sorpreso da Herman Stites che afferma di essere il proprietario. Mulder gli chiede se ha visto un rettile e l'uomo si irrita per qualsiasi accusa. Mulder va via e non vede Doggett, che si è arrampicato fino ad una grata e chiama da sotto Stites. "Ho bisogno di una mano", implora verso Stites, che ignora la richiesta. Stites posa la scarpa sulla mano di Doggett, e l'agente cade di nuovo giù nella cantina. Doggett e la Harrison sentono Stites richiudere la botola. Scoprono quindi che il corpo di Gary Sacks è scomparso. 

Scully chiama Mulder per dirgli che Skinner è adirato a causa delle sue intromissioni con un'indagine federale. Mulder crede che possa essere un uomo e non un rettile quello che stanno cercando. Ha trovato il medaglione dell'Apollo 11 e crede che Doggett sia probabilmente ancora lì vicino e che Stites sia coinvolto in qualche modo. Doggett e la Harrison camminano alla cieca attraverso i tunnel nella cantina. Lei teme di essere affetta dalla stessa cosa di Sacks, perché sta diventando completamente cieca. Ancora una volta appare la creatura e Doggett le spara alla rinfusa, ma questa riesce a scappare. La Harrison trova il corpo di Sacks. E' ancora più malridotto. 

Mulder siede nella sua macchina vicino alla villa, aspettando. Scully scopre che il veleno indurisce la pelle del corpo fino a formare un guscio. Quindi, gli organi si liquefanno. Lei dice a Mulder che Stites aveva lavorato sulla creazione di una nuova specie di rettile. Mulder esce dalla macchina dopo aver visto del movimento nel bosco. Osserva un rettile di dimensioni umane arrampicarsi sulla casa e dentro una finestra della villa. Mulder bussa alla porta principale, non vede la trasformazione della creatura in Stites. Mulder affronta Stites, e Stites lo porta nella cantina sotterranea. Là, Mulder vede Doggett e la Harrison, la quale capisce che Stites è in realtà la creatura. Improvvisamente, Stites scompare e la creatura striscia lungo il soffitto. Privo dell'arma d'ordinanza, Mulder ordina ad un accecato Doggett di sparare al mostro, ma Doggett non può vedere quello a cui deve sparare. Mulder chiede a Doggett di prendere la mira basandosi sul suono della sua voce. Benchè Doggett sia esitante a sparare verso Mulder, spara e colpisce la creatura. La creatura si trasforma in Herman Stites, che giace a terra morto. 

All'ospedale, un Doggett guarito fa visita all'agente Harrison. Lei non ritornerà agli X-Files. Mulder dà a Doggett il medaglione dell'Apollo 11, ma lui chiede che lo diano all'agente Harrison. Mulder e Scully fanno visita alla Harrison, che ne approfitta per chiedere loro di un'indagine precedente. Mentre loro rivivono il passato con l'agente Harrison, Doggett se ne va lungo il corridoio, tornando al lavoro - da solo. 

Attori Protagonisti
DAVID DUCHOVNY - Agente Speciale Fox Mulder
GILLIAN ANDERSON - Agente Speciale Dana Scully
ROBERT PATRICK - Agente Speciale John Doggett

Attori Co-Protagonisti
Mitch Pileggi - Vicedirettore Walter Skinner
Jolie Jenkins - Agente Harrison
Jay Caputo - Uomo serpente
Tony Ketcham - Gary Sacks
Zach Grenier - Herman Stites
James Otis - Arlen Sacks
Lisa Kaseman - Assistente Patologo 

Autori
Frank Spotnitz

Diretto da
Frank Spotnitz

Trasmesso la prima volta in TV
06/05/01
08/07/01

Titolo - il titolo provvisorio di questo episodio era "A dream whose sleep". Questa frase è presa da un poema intitolato "The great advantage of being alive".

L'agente speciale Leyla Harrison prende il nome da una fan di X-Files, Leyla Harrison, la cui vita è stata tragicamente interrotta nel Febbraio 2001 a causa di un cancro.

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Ciao, sono Frank Spotnitz. Ho scritto e diretto questo episodio. Si chiama “Alone”. Era l’episodio numero diciotto dell’ottava stagione di X-Files e visto che era il primo episodio che dirigevo, ho pensato molto a come avrebbe dovuto essere la storia e a come avrei dovuto svilupparla. Guardare queste scene mi riporta a quei momenti. Penso ci siano due scuole di pensiero quando si dirige un episodio per la prima volta. Una consiste nel presentarsi con qualcosa di molto semplice così da poterlo realizzare ed evitare il fallimento. L’altra consiste nel pors...