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[Mulder] Sono pronto a trattare. L'Uomo che Fuma sa cosa hanno fatto all'agente Scully, quindi è probabile che sappia anche come salvarla.
[Skinner] Se abbassa la guardia e scende a patti con quell'uomo gli sarà debitore per sempre.
[Mulder] La posta in ballo è la vita dell'agente Scully.
[Skinner] Trovi un altro modo.

#4X15 Memento Mori

[Mulder] Sono pronto a trattare. L'Uomo che Fuma sa cosa hanno fatto all'agente Scully, quindi è probabile che sappia anche come salvarla. [Skinner] Se abbassa la guardia e scende a patti con quell'uomo gli sarà debitore per sempre. [Mulder] La posta in ballo è la vita dell'agente Scully. [Skinner] Trovi un altro modo. #4X15 Memento Mori
X-Files
Evoluzione e nascita di un mito

Inizialmente, X-Files ha dovuto combattere per ottenere un buon riscontro in termini di ascolti, e come risultato, non c'era nessun piano a lungo termine a guidare gli autori. L'unica linea guida fornita da Carter era che lo show avrebbere dovuto svolgersi "entro il regno delle possibilità estreme". La prima stagione dello show così sfornò numerose storie standalone (non facenti parte del racconto della mitologia) che coinvolgevano mostri,
Ice

I vermi spaziali di Ice

e anche diversi insabbiamenti alieni/governo, con nessun apparente collegamento tra loro - come il verme spaziale artico in Ice, e la cospirazione delle gemelle modificate geneticamente in Eve. Carter stesso scrive Space, una storia a basso budget riguardante la manifestazione di un "fantasma" alieno nel programma dello shuttle spaziale della NASA, che finì per andare in sovraproduzione e divenne l'episodio più dispendioso della prima stagione (in seguito Carter lo definì come una delle cose peggiori mai prodotte per lo show).

In accordo con Glen Morgan, gli autori furono spinti da una recensione del New Yorker che sottolineava l'esplorazione della "paranoia suburbana" dello show, e pianificarono una maggiore unità tematica nella seconda stagione: "l'intero anno fu dedicato ai piccoli omini verdi che voi ed io abbiamo creato per noi stessi... perchè non ci sono missili nucleari puntati sulle nostre teste, non puoi più consolidare le tue paure." Tuttavia, il piano cadde abbastanza presto a causa delle pressioni del palinsesto del network.

Deep Throat fu il primo informatore di Mulder, un personaggio importante nella prima stagione. Ma alla fine della prima stagione, Carter e il suo staff avevano tracciato molti dei concetti generali della mitologia, che si sarebbe sviluppata poi in nove stagioni, i cui contorni appaiono per la prima volta nell'episodio finale The Erlenmeyer Flask, nominato agli Edgars Award, scritto nei primi del 1994 prima di sapere se lo show sarebbe stato cancellato. Nell'episodio, gli X-Files vengono chiusi e Mulder e Scully riassegnati. Il finale è stato il primo episodio diretto da R. W. Goodwin, un vecchio produttore (e marito di Sheila Larken, che interpreta la madre di Scully nello show) che diresse in seguito tutti gli episodi di apertura e di chiusura dei quattro anni successivi.

X-Files venne rinnovato per una seconda stagione nonostante fosse finito al numero 102 (su 118 show) nelle classifiche di gradimento Nielsen degli USA. Ricevette anche il suo primo Emmy, per la miglior sequenza titoli. Il brano a tema elettronico nella sequenza, in cui si sentono misteriosi suoni, era di Mark Snow e divenne poi
The Erlenmeyer Flask

Gola Profonda parla con Scully

molto conosciuto (versioni per discoteche del brano entrarono nella classifica pop in Francia, in Gran Bretagna e Australia, dove una versione mixata da Triple X arrivò ad essere la numero 2 nella classifica del 1996). Le molte musiche di Snow per ciascun episodio, spesso cupe, sintetizzate ed ambientali, costituiscono un altro aspetto distintivo di X-Files fin dai primi anni, visto che lo show utilizza più musica di sottofondo di quello che normalmente fa un'ora di normale serie tv. Un cd con la colonna sonora, The Truth and the Light, uscì nel 1996.

Lo show è un mix di generi, la programmazione stressante (24 o 25 episodi per stagione) e girare in posti differenti ogni settimana, richiede uno staff con molta esperienza tecnica. Almeno 300 a Vancouver erano sotto la supervisione del produttore Goodwin, che definì X-Files "lo show più difficile della televisione" e "l'equivalente di girare un film ogni otto giorni". Il primo anno, i fondi stanziati si aggiravano attorno al milione di dollari. Dal 1998, l'ultimo anno a Vancouver, ogni episodio dello show costava 2,5 milioni di dollari, la maggior parte dei quali non andavano per i salari delle star. Lo staff storico includeva i produttori Joseph Patrick Finn, che vinse due Emmy per il suo lavoro nello show; l'addetta al montaggio Heather MacDougall, che lavorò su 51 episodi e vinse un Emmy per Kill Switch; il supervisore al montaggio nominato agli Emmy Stephen Mark, che si è anche occupato del film del 1998; il supervisore del suono Thierry Couturier, che vinse due Emmy, ed il cui figlio pronuncia la frase "I made this" sul logo della Ten Thirteen Company; Matt Beck, supervisore degli effetti speciali (molti creati al computer, cosa insolita per la tv dei primi anni '90) per 91 episodi ed autore dell'episodio Wetwired; il responsabile del makeup nominato agli Emmy Toby Lindala; ed il capo produzione Kenneth Hawryliw, che più tardi collaborò alla scrittura dell'episodio Trevor.
 
La storia di X-Files