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[Mulder] Non credo che abbiamo a che fare con dei profanatori di tombe.
[Scully] Certo, quelli siamo noi.

#5X09 Schizogeny

[Mulder] Non credo che abbiamo a che fare con dei profanatori di tombe. [Scully] Certo, quelli siamo noi. #5X09 Schizogeny
X-Files
Stagione Sette (1999-2000)

Nel Novembre del 1999, The Sixth Extinction e la sua seconda parte Amor Fati riprendono la storia lasciata in sospeso l'anno precedente. Il nuovo regista Micheal Watkins
Millennium

Il primo bacio di "Millennium" dopo sette anni!

aveva supervisionato l'ultimo episodio, che era stato scritto in collaborazione tra Chris Carter e David Duchovny, prendendo a modello i temi ed i personaggi di precedenti storie di X-Files - Anasazi / The Blessing Way / Paper Clip e la trilogia di Redux di Carter - così come "L'ultima tentazione di Cristo". Tuttavia, fu la premiere con i più bassi indici di ascolto da Little Green Men del 1994. I seguenti episodi come Millenium (un crossover con l'altra serie di Carter recentemente eliminata dai palinsesti), Hungry di Vince Gilligan (un sardonico "mostro della settimana" in cui Mulder e Scully appaiono in modo quasi marginale) e X-Cops (una fusione sperimentale con il reality COPS della FOX), non migliorarono la situazione. Millenium, comunque, con Lance Henriksen che riprende il suo ruolo di Frank Black per l'ultima volta, mostra il primo bacio bocca-a-bocca consensuale tra Mulder e Scully. L'occasione è l'arrivo dell'anno 2000.

Per Orison, Nick Chinlund riprende il suo ruolo di Donnie Pfaster, il feticista precedentemente visto in Irresistible, mentre Ricky Jay interpreta un mago in The Amazing Maleeni, che contrasta con il tono più emozionale della settima stagione. Gli scrittori Tom Maddox e William Gibson ritornano con un secondo episodio, First Person Shooter, questa volta diretto da Chris Carter. I costi di produzione dal trasferimento di Vancouver - tipicamente più di 3 milioni di dollari per episodio - diventarono materia di preoccupazione per il network, che contemporaneamente finanziava e distribuiva lo show e non avrebbe potuto affrontare tali costi senza nuocere alla propria azienda.

Hollywood A.D.

Mulder, Scully e Skinner vanno a Hollywood!

Rompendo la formula dello standard degli episodi standalone, vengono prodotti diversi episodi scritti e diretti dalle star dello show. Gillian Anderson dirige il proprio script per il metafisico All things, ulteriore approfondimento del personaggio di Scully. E' il primo episodio di X-Files ad essere diretto da una donna, sebbene lo show avesse avuto alcune autrici femminili durante le stagioni 2,3 e 4. Duchovny fece seguito al suo precedente The Unnatural con il satirico Hollywood A.D.. Il titolo si riferisce sia ad uno scandalo scoperto all'interno della Chiesa, che alla prospettiva di vedere il vicedirettore Skinner come produttore di Hollywood; l'episodio riguarda l'intenzione di Skinner di produrre un film di successo prendendo come spunto un'indagine di Mulder e Scully, ma le "star" che interpretano gli agenti sono l'attrice Téa Leoni, la vera moglie di Duchovny, per Scully, e Garry Shandling per Mulder. Alla fine, William Davis, conosciuto per il ruolo dell'Uomo che Fuma, scrive un episodio incentrato sul suo personaggio, chiamato En Ami. E' una delle apparizioni finali di Davis nello show.

En Ami viene anche diretto dal regista degli episodi finali dello show, Rob Bowman. Prima del finale della settima stagione, l'autore di lunga data Vince Gilligan ha l'opportunità di dirigere il suo primo episodio,
Closure

"Sono libero"

Je Souhaite (riguardo un genio riluttante), mentre Chris Carter scrive Fight Club, un ritorno alle origini di Carter alla commedia. L'episodio, con coprotagonista Kathy Griffin, non andò molto bene, soprattutto perchè i fan si aspettavano delle rivelazioni finali riguardo alla mitologia; ottenne così il record di tutti i tempi come l'episodio con i voti più bassi dell'intera serie in un sondaggio tra i telespettatori.

Nel Maggio del 2000, Requiem riporta Scully e Mulder negli stessi luoghi del Pilot di sette anni prima. L'intero episodio è in realtà un vero e proprio omaggio alla puntata pilota dello show e contiene diversi riferimenti a quest'ultima. Ad esempio, la scena in cui Scully si reca nella camera di Mulder al motel, speculare a quella girata sette anni prima.

Una volta terminate le riprese, i produttori non erano sicuri di voler tornare per un'ottavo anno. Le tre stagioni finali erano una sorta di chiusura per X-Files. Alcuni personaggi erano usciti dallo show, come la madre di Mulder e l'Uomo che Fuma, e diverse trame erano state risolte, incluso il destino della sorella di Mulder, risolta nel doppio episodio Sein und Zeit e Closure. David Duchovny pose fine alla sua partecipazione full-time nello show dopo sette stagioni. Questo contribuì all'incertezza di produrre un'ottava stagione. Carter e la maggior parte dei fan sentivano che lo show era al suo naturale punto finale con la partenza di David, ma venne deciso che Mulder sarebbe stato rapito alla fine della settima stagione, lasciando le cose aperte per il ritorno dell'attore in 11 episodi durante l'anno seguente. Il finale di stagione Requiem venne quindi scritto da Chris Carter come possibile finale dell'intera serie, ma lo show venne ancora rinnovato dalla FOX.
Requiem
 
La storia di X-Files