online dal 01.10.2001 case X120205 unsolved
[Scully] Non facciamo più parte dell'FBI, Mulder. Siamo due persone normali, che ogni sera ritornano a casa, in una casa normale. Non voglio che le tenebre invadano la mia casa.
[Mulder] Cioè mi stai chiedendo di arrendermi?
[Scully] No. E' una cosa che non ti chiederei mai.

I Want to Believe

[Scully] Non facciamo più parte dell'FBI, Mulder. Siamo due persone normali, che ogni sera ritornano a casa, in una casa normale. Non voglio che le tenebre invadano la mia casa. [Mulder] Cioè mi stai chiedendo di arrendermi? [Scully] No. E' una cosa che non ti chiederei mai. I Want to Believe
X-Files
Stagione Cinque (1997-1998)

Quando si apre la quinta stagione, ottenendo i migliori dati di ascolto mai registrati dallo show (con l'eccezione di Leonard Betts), si scopre che Mulder è ancora vivo, dopo che si era nascosto in seguito al coinvolgimento con Micheal Kritschgau, un rinnegato impiegato del Dipartimento della Difesa. Il proseguimento della storia divisa in tre parti con Redux e Redux II, porta alla
The Post-Modern Prometheus

Mulder e Scully ballano sulle note di Cher in "The Post-Modern Prometheus"

ribalta le metastasi del cancro di Scully, mentre Mulder continua ad interrogarsi sugli alieni e le cospirazioni del governo, ed allo stesso tempo indaga per trovare una cura alla malattia che crede che il governo abbia trasmesso a Scully. Scully viene alla fine guarita, sebbene non sia chiaro cosa abbia causato questa guarigione e quali sacrifici sono stati fatti per mettere fine alla malattia. La fedeltà di Skinner è in discussione, e l'Uomo che Fuma è apparentemente messo fuori gioco dal Consorzio.

Questi eventi vengono presto seguiti da The Post-Modern Prometheus di Chris Carter, episodio che ha sia scritto che diretto. E' l'unico episodio dello show girato interamente in bianco e nero, una rivisitazione della storia di Frankenstein (sottotitolata dall'autrice Mary Shelley, The Modern Prometheus), miscelata ad allusioni al Giovane Frankenstein, Jerry Springer, fumetti di vario tipo, The Elephant Man di David Lynch e Cher. Carter si guadagna così la sua seconda nomination agli DGA per il suo lavoro. Pochi mesi prima nel 1997, X-Files aveva ricevuto il più grande riconoscimento in termini di premi, ancora per la quarta stagione, con 12 nominations agli Emmy incluse quelle per miglior serie drammatica, missaggio suono, trucco, musica, regia, sceneggiatura, due nominations per l'editing, ed aveva vinto per il suono, la direzione artistica e con Gillian Anderson. Anche Duchovny era in lizza per gli Emmy e per i Golden Globe, dove insieme con Gillian, vinse come miglior attore in una serie drammatica per la tv e lo stesso show vinse quella categoria per il secondo anno - raccogliendo i tre premi più importanti. X-Files vinse anche un secondo Saturn Award (premio consegnato dalla "Academy of Science Fiction, Fantasy, and Horror Films") per la miglior serie televisiva, e Gillian vinse come miglior attrice.

Golden Globe 1997

Gillian e David vincono i Golden Globe del 1997

Il contratto con la FOX di Chris Carter prevedeva la realizzazione di cinque stagioni dello show, e sia lui che i due protagonisti avevano in origine l'intenzione di fermarsi a quel punto, e trasformare X-Files in una serie di film, ma lo show era un tale successo che la FOX era intenzionata a continuare a trasmetterlo alla tv in qualche modo, e Carter si convinse a firmare un nuovo contratto, mantenendo sempre il controllo creativo.  Cosa molto rara per uno show ancora in produzione, viene programmato un film dallo stesso Carter, dato che, proprio quest’ultimo avrebbe voluto realizzare episodi mitologici come Duane Barry / Ascension appositamente per il grande schermo. Al film viene dato un nome in codice (“Blackwood”) e la sceneggiatura del film viene stampata con inchiostro di colore rosso per assicurarne la segretezza, e viene girato principalmente in California tra Gethsemane della quarta stagione e la ripresa della trama della quinta stagione con Redux, posticipando la data di debutto della stagione al Novembre del 1997, rendendo così la quinta stagione (fino alla nona) la stagione più corta, con solo 20 episodi.

Come conseguenza diversi episodi nella quinta stagione mostrano o Scully o Mulder a spese dell'altro, questo per concedere tempo ai due attori di occuparsi dei rispettivi progetti personali o per girare di nuovo il film durante le riprese della stagione. Christmas Carol e Emily, scritti dal gruppo di Spotnitz, Gilligan e Shiban sono i primi episodi mitologici incentrati principalmente su Scully. In Christmas Carol, Scully riceve diverse informazioni riguardo il suo rapimento, che coincidono con il misterioso arrivo di una bambina nella sua vita.

Altra conseguenza, gli episodi Unusual Suspects e Travelers, sono incentrati rispettivamente sulle origini dei Lone Gunmen avvenuta nel 1989, e sulle origini dei casi X-Files all'FBI durante l'era McCarthy negli anni '50. Duchovny appare brevemente in entrambi gli episodi, mentre la Anderson neppure quello. Richard Belzer, coprotagonista in Unusual Suspects, interpreta il detective John Munch della omicidi. Unusual Suspects ebbe un seguito nella sesta stagione con Three of a kind. Entrambi questi episodi sui Lone Gunmen -- John Fitzgerald Byers (Bruce Harwood), Richard "Ringo" Langly (Dean Haglund), e Melvin Frohike (Tom Braidwood) -- divennero in seguito le basi per una serie spin-off girata nel 2001 e mai trasmessa in Italia (almeno fin’ora).

Agli inizi del 1998, lo show, scritto in maggioranza da uno staff di autori regolari, mandò in onda il primo episodio realizzato da un noto scrittore "ospite". Stephen King aveva contribuito a Chinga, storia di una bambola demoniaca, risultando come co-autore con Chris Carter e lasciando il compito a Scully di indagare sul caso, tra spassose telefonate con Mulder. Subito dopo venne Kill Switch, scritto dall'autore cyberpunk William Gibson insieme a Tom Maddox che tratta dell'intelligenza artificiale. Entrambi gli episodi ricevono molte recensioni positive da parte della critica. Viene quindi mandato in onda un episodio dove venivano presentati i divergenti punti di vista di Mulder e Scully, simpaticamente in opposizione, su un caso di vampiri. Bad Blood di Vince Gilligan, che fa coppia con Small potatoes di Cliff Boyle, è uno degli episodi preferiti dai fan ed introduce Luke Wilson nel ruolo del giovane sceriffo con o senza i "dentoni".

La quinta stagione continua con i tradizionali episodi mitologici e vengono mandati in onda Patient X e The Red and the Black, quest'ultimo diretto ancora da Carter. La storia riguarda l'inizio della colonizzazione, ed introduce due nuovi personaggi, Cassandra Spender (donna abitualmente rapita dagli alieni, interpretata da Veronica Cartwright, nominata agli Emmy per questo ruolo) e suo figlio Jeffrey Spender (collega di Mulder e Scully
The Red and the Black

Scully e Cassandra in una scena di "The Red and The Black"

all'FBI, interpretato da Chris Owens). Gli episodi mettono in contrapposizione la crisi di Mulder nelle sue convinzioni sugli alieni, con la macchinazione del Consorzio e le esperienze personali di Scully. Vengono coinvolti Krycek e la Covarrubias, mentre l'Uomo che Fuma continua ad essere estromesso. Alla fine dell'anno, più episodi da mostri della settimana sono andati in onda, tra i quali troviamo Mind's Eye (con coprotagonista Lili Taylor nel ruolo di una donna cieca sospettata di omicidio, scritto da Tim Minear), The Pine Bluff Variant (sul coinvolgimento di Mulder in una trama per diffondere un'arma biologica letale, con il breve accenno alla mitologia) e Folie à Deux (riguardo le indagini di Mulder e Scully su un impiegato che sostiene che il suo capo è in grado di trasformarsi in un grande insetto).

The End è l'ultimo episodio ad essere girato nella piovosa Vancouver, British Columbia, che chiude la quinta stagione. Lo show ha prodotto 117 episodi in Canada prima di trasferirsi a Los Angeles nella sua sesta stagione. David Duchovny non era felice di rimanere separato da sua moglie Téa Leoni, così come delle condizioni climatiche di Vancouver. Anche Gillian Anderson desiderava tornare a casa negli Stati Uniti, e Carter decise di trasferire la produzione a Los Angeles dopo la quinta stagione. La stagione terminò nel Maggio del 1998 con The End, l'episodio finale che vedeva coinvolta la maggioranza dei membri originari della troupe che avevano lavorato per lo show durante i precedenti cinque anni, incluso il regista e produttore R. W. Goodwin e sua moglie Sheila Larken (interprete di Margaret Scully che tornerà brevemente in seguito). The End introduce Diana Fowley, un nuovo personaggio che ha apparentemente lavorato in precedenza con Mulder agli X-Files, ma l'episodio è incentrato sugli sforzi del Consorzio per avere sotto controllo il campione di scacchi Gibson Praise in grado di leggere il pensiero.

Gli X-Files vengono chiusi per la seconda volta in questo episodio (come accaduto alla fine della prima stagione). Questo prepara gli eventi per il film, la cui post-produzione era, a questo punto, stata già completata ed era atteso nei cinema il mese successivo. Lo show termina la sua quinta stagione con una media dell'indice Nielsen del 12.1, il suo indice più alto di spettatori, e riceve 16 nomination agli Emmy (vincendone due), in aggiunta alla vittoria del Golden Globe come miglior serie drammatica per il terzo anno. Complessivamente, le stagioni che vanno dalla terza alla quinta hanno contribuito a rendere lo show come il più popolare ed acclamato di quel periodo.
 
La storia di X-Files