La storia di X-Files nasce nel 1992, quando Peter Roth si trasferisce alla Twentieth Century Fox con la carica di presidente delle produzioni televisive. Scopo della consorella della Fox Broadcasting di Rupert Murdoch, era quello di sviluppare nuovi programmi per battere la concorrenza. Peter Roth inizia quindi ad assumere nuovi e pressochè sconosciuti produttori, tra cui un certo Chris Carter.
Chris Carter,  nato il 13 ottobre del 1956 e cresciuto a Bellfleur, quartiere suburbano di Los Angeles, aveva già lavorato per la televisione e si era occupato di commedie e serie disneyane per la famiglia. Nonostante i suoi lavori precedenti però, Carter pensava da anni di dare vita ad un nuovo progetto basato su concetti più oscuri, che traeva origine dal suo amore di ragazzino per programmi come “Kolchak: The Night Stalker” (serie trasmessa dalla ABC nella stagione 1974-75). Carl Kolchak, il protagonista della serie citata, era un reporter che in ogni puntata della serie si ritrovava tra le mani, sempre casualmente, un caso su vampiri, zombi o lupi mannari. Nonostante il ricordo ancora vivo della sua passione per questo telefilm, Carter non poteva non rendersi conto dei difetti che aveva. In particolare il tema centrato su entità, per così dire, ordinarie e, soprattutto il fatto che Kolchak se li trovasse davanti sempre "casualmente" e spesso in situazioni assurde, destava un'eccessiva incredulità nel pubblico.
Carter parlò del suo progetto con Peter Roth, che trovò l'idea interessante e lo spinse a stendere la sceneggiatura per l'episodio pilota.

Era appena uscito nelle sale cinematografiche Il Silenzio degli Innocenti e Carter trovò geniale l'idea dell'agente dell'FBI. Decise quindi di creare due agenti: uno disposto a credere e l'altro scettico. Avrebbero indagato su casi misteriosi, non perché gli capitavano per caso, ma perché li andavano a cercare, perché era loro dovere trovare la soluzione dei casi irrisolti: gli X-Files.
Carter iniziò così a stendere la sceneggiatura, divertendosi a inserirci dei dati della sua vita personale. Per il protagonista che accettava il paranormale usò il cognome da nubile di sua madre, Mulder, ed il nome di un ragazzino che aveva conosciuto quando andava a scuola, Fox; per il coprotagonista scettico, da appassionato di baseball, decise di usare il cognome del radiocronista dei Los Angeles Dodgers, Vincent Scully.  Inoltre trovò interessante far comparire una ipotesi che trovava probabile: il governo sa dell'esistenza degli UFO, ma la tiene nascosta. In particolare, l'agente Scully sarebbe stata affiancata a Mulder proprio per smontare razionalmente le sue ipotesi.

La sceneggiatura fu stesa e, Carter e Roth, la presentarono a Bob Greeblatt, il vicepresidente della Fox per lo sviluppo delle serie drammatiche. Nonostante l'idea gli sembrasse "nata vecchia", esaminò ugualmente il lavoro di Carter. Greenblatt ricorda di essere rimasto colpito dal talento e dalla passione di Carter per il progetto.  Dopo aver letto la bozza della sceneggiatura dell’episodio pilota, Greenblatt decise di metterne al corrente il suo superiore, Sandy Grushow. Grushow la lesse e pensò di aver trovato ciò di cui avevano bisogno.

Scegliere gli attori per girare l'episodio pilota di “The X-Files” non fu per niente facile. Nonostante Chris Carter li avesse individuati alla prima occhiata, i dirigenti della Fox rimasero dubbiosi fino alla fine. Come al solito i candidati per i provini furono tantissimi ma, dopo varie audizioni, il cerchio si strinse ad un esiguo numero di Fox Mulder e Dana Scully.

Per quanto riguarda il primo ruolo, si arrivò all'indecisione tra due attori, di cui uno si chiamava David Duchovny. Entrambi erano in grado di interpretare l'agente Mulder: Duchovny dandone un’immagine ironica e appassionata, il secondo attore fredda e tormentata. Carter dovette fare molte pressioni perché i dirigenti scegliessero Duchovny, ma molto dipese dall'umorismo di quest'attore, che saltò fuori sia durante le audizioni che al colloquio e che colpì la commissione. David non era però entusiasta di lavorare per la televisione, soprattutto dopo aver fatto parte, con Brad Pitt, del cast del film Kalifornia. Comunque, dopo aver letto la sceneggiatura, la trovò molto buona, nonostante pensasse che dopo le prime tre o quattro puntate, il pubblico si sarebbe stancato degli UFO. Male che fosse andata avrebbe girato le prime puntate, avrebbe intascato i soldi e si sarebbe messo a cercare un altro ingaggio.

Molto più difficile fu, per Chris Carter, avere l'attrice giusta per la parte di Dana Scully. I dirigenti della Fox volevano, infatti, qualcosa di prorompente, sullo stile Pamela Anderson. Carter voleva invece qualcosa di diverso e, vedendo la praticamente sconosciuta Gillian Anderson pensò "Quella è Dana Scully". Questa non piaceva però agli altri membri della commissione; prima di tutto perché avrebbero potuto giudicare solo una sua comparsa nel film Class of' 96, e poi erano del parere che non sarebbe piaciuta al pubblico, sia fisicamente sia per una sua certa freddezza durante la recitazione. Dovettero però arrendersi alla determinazione di Carter, che sostenne Gillian Anderson, anche a rischio di giocarsi la carriera.

Tuttavia, l'episodio pilota con Gillian Anderson e David Duchovny viene girato con successo a Vancouver, British Columbia, Canada nei primi mesi del '93, e lo show viene posizionato nel palinsesto americano il venerdì sera alle 21. Carter fondò una compagnia di produzione, la Ten Thirteen Productions, prendendo il nome dalla sua data di compleanno, per supervisionare X-Files.
L'idea di Carter era di presentare gli agenti dell'FBI che indagavano sugli extraterrestri e su fenomeni paranormali, ma Carter voleva anche trattare le convinzioni di ciascun personaggio. Dana Scully, oltre ad essere la scientifica "scettica" e un medico, è aperta alla fede Cattolica che coltiva; mentre Fox Mulder, oltre ad essere laureato ad Oxford in psicologia ed un rinomato analista di profili criminali, è quello che crede negli alieni, derisoriamente chiamato "Spooky" ("spettrale") dai suoi colleghi. Inoltre, Carter è convinto che il ruolo di Scully come la parte più razionale, e la dipendenza di Mulder dalle congetture e le intuizioni, abbiano sovvertito i ruoli che si vedono abitualmente in televisione.

Nell'episodio pilota, Scully viene assegnata agli X-Files come partner di Mulder, per dare un freno dal punto di vista scientifico alle credenze di Mulder nel paranormale. Negli episodi successivi, diventa chiaro che le è stato assegnato quell'incarico per fare in modo che i cospiratori del governo possano tenere sotto controllo il lavoro di Mulder, che essi vedono come un pericolo per i loro piani deviati. In particolare, il potente capo del governo ombra conosciuto solo come l'Uomo che Fuma (“Cigarette Smoking Man” o “Cancer Man”) appare senza parlare nella prima e nell'ultima scena dell'episodio pilota - sebbene a questo punto la sua importanza nella serie non sia ancora nota.

La "unresolved sexual tension" (U.R.S.T.) tra Mulder e Scully costituisce un tema centrale e basilare fin dall'inizio, sebbene entrambi siano protagonisti di alcuni affari romantici nei futuri episodi. Carter pensava che lo show sarebbe stato guidato dalla trama e disse "Non volevo che la relazione venisse prima dei casi". Per esempio, durante la serie, Mulder e Scully, con rare eccezioni, si riferiscono l'uno verso l'altra in modo professionale utilizzando i loro cognomi, piuttosto che chiamarsi con i loro nomi.

Gli episodi iniziali di X-Files avevano come argomento i rapimenti alieni. Peter Roth, portò nello staff diverse persone di esperienza, alcune delle quali avevano precedentemente lavorato con lui nella compagnia di produzione di Stephen J. Cannell. Due di loro erano gli scrittori Glen Morgan e James Wong. I loro contributi alle prime due stagioni, come l'episodio Beyond the sea, sono popolari tra i fan, la critica tv, gli attori dello show, e Carter stesso. Morgan e Wong ritornarono dopo la prima metà della quarta stagione. Prima del loro lavoro su X-Files, Morgan e Wong avevano lavorato con David Nutter, Rob Bowman e Kim Manners su alcuni polizieschi come "The Commish" e "21 Jump street". Nutter, Bowman e Manners diventarono tutti registi abituali di X-Files, con Nutter che ha lavorato in maggioranza sugli episodi più oscuri delle prime tre stagioni. Il duo di Morgan e Wong ha avuto un ruolo importante anche nel portare diverso personale a supporto per lo show, come John Bartley, il direttore della fotografia che ha dato ad X-Files la sua prima ambientazione cupa ed oscura, per la quale ha vinto un Emmy Award nel 1996. Bartley ha lasciato lo show dopo la terza stagione ed è stato sostituito da direttori della fotografia come Ron Stannett, Jon Joffin e per ultimo Joel Ransom fino alla fine della quinta stagione.

Lo show, le cui riprese saranno spostate in California per la sesta stagione, avrebbe dovuto essere girato in quel luogo fin dall'inizio. Lo stesso clima moderato e piovoso di Vancouver è stato cruciale per X-Files, permettendo ai registi di creare un'aura di mistero, vista in qualcosa di simile nel precedente Twin Peaks. X-Files: Storia della serie

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