Don S. Davis Lasciò la sua nave dopo la Baia dei Porci e proprio ad una giovane ragazza bruna di nome Margaret, chiese di sposarlo e di rimanere insieme per sempre. Il Capitano William Scully, ufficiale della Marina degli Stati Uniti, era un padre forte ed intransigente, ma molto affettuoso con Dana Scully e con i suoi tre fratelli.
Forse disapprovava il suo istinto da maschiaccio e le sue aspirazioni non convenzionali, ma il suo orgoglio era evidente. E' chiaro che Dana lo ammirava. Il loro rapporto "burlone" era accentuato da uno scherzo segreto tra loro, basato su Moby Dick di Herman Melville. Lei chiamava suo padre marinaio "Ahab" ("Acab" in italiano), come il severo capitano del condannato Pequod; lui la chiamava "Starbuck" ("Stella del Mattino" in italiano) come l'onesto e fidato tenente di Ahab.
La paura che suo padre non approvasse il suo lavoro ha causato a Scully non poca apprensione, ed è sempre stata intenzionata a soddisfare le lodi di suo padre distinguendosi all'interno dell'FBI. La sua morte prematura in #1X12 Beyond The Sea - Contatti ha aperto una profonda ferita nella sua "piccola", il cui scetticismo viene messo a dura prova da alcune visioni di suo padre dopo la morte. E' ovvio che Scully ha preso più che la sua testardaggine, il suo senso dell'etica e i suoi capelli rossi dal vecchio Capitano Scully. Mulder dice che ha ereditato anche l'andare per mare durante l'episodio #3X22 Quagmire - Il mistero del lago.
In #2X08 One Breath - L'ultimo respiro, suo padre appare in una visione mentre lei giace in fin di vita, e gioca un ruolo importante nel rafforzare il suo desiderio di tornare a vivere.