Mitch Pileggi Un ex-marine con un forte senso del dovere, il Vice Direttore Walter Skinner qualche volta mal sopporta i metodi di indagine non ortodossi di Mulder. Più di una volta ha avvertito Mulder e Scully che le loro indagini stavano andando in una direzione pericolosa. È stato costretto a chiudere gli X-Files, ma decise di riaprili con un atto di forza e autorità.

Skinner sembra essere intrappolato tra due fronti: gli agenti Mulder e Scully da un lato e l'Uomo che Fuma dall'altro. Le frequenti visite di quest'ultimo ritraggono Skinner come un ulteriore pedina del Consorzio, ma i suoi sforzi per aiutare Mulder e Scully "attraverso canali non ufficiali" mostra chiaramente il suo interesse per i due agenti ed il loro lavoro. Ciò nonostante, Krycek dimostra che il Vice Direttore non potrà mai liberarsi dalla morsa del loro potere. L'ex-agente possiede infatti una console che può incrementare il numero dei meccanismi nanotecnologici presenti nel sangue di Skinner.

Mai convinto fino in fondo dalle teorie aliene di Mulder, Skinner rimane attonito nel vedere un lampo di luce attraversare il cielo ed assiste alla sparizione di Mulder in #7X22 Requiem. È pieno di commozione quando racconta ciò che è accaduto a Scully. "Mi chiederanno che cosa ho visto" dice. "Non posso più negare quello che ho visto. Non posso."