Un hacker informatico dal nick Cervellone riesce ad accedere ai documenti segreti del Dipartimento della Difesa sulla vita extraterrestre. Consegna a Mulder i documenti salvati su un dischetto con un avviso -- che gli ufficiali governativi sono ritenuti responsabile della copertura degli UFO attraverso gli anni. L'iniziale entusiasmo di Mulder si smorza quando si rende conto che i documenti sono codificati in lingua Navajo. Scully promette di trovare un traduttore il più presto possibile. Quando Skinner chiede a Mulder notizie su alcune voci che lo indicano in possesso di informazioni segrete, Mulder lo colpisce all'improvviso con un pugno. Mulder non è in grado di spiegare il suo comportamento. Più tardi Skinner informa Scully che una commissione disciplinare determinerà se Mulder verrà licenziato senza possibilità di reintegro.

L'Uomo che Fuma fa visita al padre di Mulder nella casa sulla Martha's Vineyard. Lo informa che documenti segreti sono caduti nelle mani di suo figlio. Il signor Mulder si rende conto che il suo nome è in quei documenti. Telefona a suo figlio e gli chiede di venire a casa. Più tardi, Scully entra nell'appartamento di Mulder quando lui non risponde alla porta. Improvvisamente, risuona un colpo di pistola che frantuma una finestra. Scully evita con difficoltà di essere ferita.

Quando Mulder arriva a Martha's Vineyard, suo padre gli parla in modo enigmatico del suo lavoro per il Dipartimento di Stato. Prima che possa spiegare la verità, Alex Krycek gli spara e lo uccide. Quando Scully viene a sapere dell'omicidio, spinge Mulder a lasciare Martha's Vineyard affinchè le autorità non sospettino di lui. Quando Mulder torna a casa, sta molto male. Scully lo assiste. Nota una persona sospetta su un camion per le consegne di contenitori di acqua dolce alla base dell'edificio.

Mulder scopre Alex Krycek che si muove furtivamente intorno all'edificio del suo appartamento. Lotta con l'agente ed afferra la sua pistola. Sicura che Mulder stia per uccidere Krycek, Scully estrae la sua arma e spara a Mulder alla spalla.

Quando Mulder ritorna cosciente, si trova in una stanza di un motel del New Mexico, la sua ferita da arma da fuoco viene curata da Scully. Lei spiega che le analisi di laboratorio hanno rivelato che l'acqua che scorreva nell'edificio del suo appartamento era addizionata con un potente allucinogeno, che spiega il comportamento aggressivo di Mulder.

Un uomo indiano di nome Albert Hosteen inizia a tradurre i documenti codificati del Dipartimenti della Difesa. Spiega a Mulder come una tribù di Indiani che una volta viveva nel New Mexico era scomparsa senza lasciare traccia. Il loro nome era Anasazi, che significa Antichi Alieni. Albert crede che siano stati rapiti da alcuni visitatori di altri pianeti. Il nipote di Albert, Eric, conduce Mulder nel deserto. Là, Eric mostra all'agente un vagone di un treno merci sepolto nella roccia di una cava. All'interno del vagone si trovano i corpi di quelli che sembrano essere alieni. L'Uomo che Fuma chiama Mulder al suo telefono cellulare, sostenendo che il padre di Mulder aveva autorizzato il progetto. Mulder insiste nel dire che riuscirà a smascherarlo. L'Uomo che Fuma rintraccia la posizione di Mulder determinando la sorgente di trasmissione del telefono cellulare, ma quando arriva nel deserto in elicottero, Mulder non si trova. L'Uomo che Fuma ordina ai suoi uomini di distruggere il vagone. 

Attori Protagonisti
DAVID DUCHOVNY - Agente Speciale Fox Mulder
GILLIAN ANDERSON - Agente Speciale Dana Scully

Attori Co-Protagonisti
BYRON CHIEF MOON - Padre
BERNIE COULSON - Cervellone
PETER DONAT - Bill Mulder
FLOYD "RED CROW" WESTERMAN - Albert Hosteen
NICHOLAS LEA - Agente Alex Krycek
WILLIAM B. DAVIS - Uomo che Fuma
MITCH PILEGGI - Vicedirettore Walter Skinner
PAUL MCLEAN - Agente Kautz
RENAE MORRISEAU - Josephine Doane
AURELIO DINUNZIO - Antonio
DEAN HAGLUND - Langly
TOM BRAIDWOOD - Frohike
BRUCE HARWOOD - Byers
MICHAEL DAVID SIMMS - Agente Anziano
KEN CAMROUX - Secondo Agente Anziano
MITCH DAVIES - Uomo Furtivo 

Autori
CHRIS CARTER
Storia di: DAVID DUCHOVNY & CHRIS CARTER

Diretto da
R.W. GOODWIN

Trasmesso la prima volta in TV
19/05/95
05/11/96

Chris Carter fa una piccola apparizione (è il suo debutto come attore) come uno degli interroganti di Scully nell’ufficio di Skinner.

Mentre Mulder studia il testo non tradotto sullo schermo del suo computer, si può notare la linea "do-ray-me-fa-so-la-todo" (5 linee sotto l’intestazione Dipartimento della Difesa).

Per riprodurre i deserti del New Mexico, la troupe di X-Files ha spruzzato 7300 litri di vernice bordeaux su una cava di ghiaia poco lontana da Vancouver.

TAGLINE - la frase “the truth is out there” è cambiata per la terza volta in questo episodio. Viene sostituita con la frase "EI 'AANIIGOO 'AHOOT'E", che è la traduzione in lingua Navajo della stessa frase.

[Albert Hosteen] Niente sparisce senza lasciare traccia.

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Ciao, sono Bob Goodwin e ho diretto questo episodio, Anasazi, e qui ci troviamo nella stupenda Arizona, con vette che ricordano molto quelle di Sedona, Arizona. Solo che in realtà si trattava di Vancouver e all'inizio sembrava una corrispondenza azzardata. Un piccolo villaggio, una città mineraria, chiamata Britannia che è a nord di Vancouver. Questo era un omaggio ai nostri ragazzi degli effetti speciali perché sono riusciti ad attrezzare questo set in modo che tutto ciò tremasse come una foglia. Questa è la nostra famiglia indiana, la famiglia Navaj...

Anasazi Music Suite
scritto da Mark Snow

Navajo Reservation - Two Grey Hills, New Mexico

Dover, Delaware

United Nation Building - New York City

Washington, D.C.

Appartamento di Mulder
2630 Hegal Place - Appartamento num. 42 Alexandria, Virginia 23242

U.S. Botanic Garden - Washington, D.C.

FBI Headquarters - Washington, D.C.

Martha's Vineyeard - West Tisbury, Massachussetts

Offices of the Navajo Nation - Washington, D.C.

Appartamento di Scully

FBI Headquarters Firearms Unit

Farmington, New Mexico

Navajo Reservation - Two Grey Hills, New Mexico

Per ulteriori informazioni sugli eventi accaduti in questo episodio consulta la timeline di questa stagione